En ese contexto, los miembros de la elite gobernante, la llamada generación del ochenta, que llevó a cabo una modernización radical de la sociedad, tenían la certidumbre de ser los custodios de la tradición esencial de la nacionalidad. La visión histórica forjada por los Bartolomé Mitre y Vicente Fidel López sostenía que la nación se había constituido por obra de las clases ilustradas liberales, que lograron imponer, a una población atrasada, un sistema institucional semejante al de los países más civilizados. Según este pensamiento, los procesos sociales que habían conducido al federalismo y a la participación política de los sectores populares implicaban el riesgo de que la historia argentina se apartara del recto camino que debía seguir. Por ello, los grupos ilustrados se asignaban la misión de encauzar las fuerzas sociales dentro de los estrictos marcos institucionales de la civilización.

En esa tarea de conformar la nación y consolidar la modernidad del estado, la filosofía positivista resultó una poderosa herramienta ideológica. Sirvió para explicar las consecuencias del proyecto, señalar los obstáculos, delimitar el campo de lo moderno y disciplinar a los sectores renuentes -por atrasados o por contestatarios- a incorporarse al proceso. Acorde con el espíritu positivista y laico, a la ciencia se le atribuyó un cometido central; para promover su cultivo, se recurrió a la contratación de investigadores y catedráticos extranjeros, se impulsó la creación de museos, se promovió la modernización de las universidades y se fomentó la constitución de sociedades científicas.

Cuando fue posible, se dotó a los museos de una arquitectura monumental, asociada con el prestigio nacional y el orgullo civico, para inspirar en el público sentimientos de admiración, respeto y confianza: no en vano los museos eran descriptos como catedrales de la ciencia. Para el de La Plata, por ejemplo, se construyó, en la traza de la nueva capital provincial, un imponente edificio de líneas grecorromanas, que subrayaba su importancia política.

Encabezados por este, los museos argentinos gozaban, en las últimas décadas del siglo XIX, de una meritoria posición en el concierto internacional. Los de ciencias naturales se ocuparon de difundir el positivismo y los diversos matices del evolucionismo, aun cuando figuras tan destacadas como Burmeister no compartieran las teorías darwinianas. En Paraná, por ejemplo, el museo provincial de Ciencias Naturales, bajo la dirección del naturalista italiano Pedro Scalabrini, fue un temprano divulgador de las doctrinas comtianas y spencerianas. La polémica obra de Florentino Ameghino ayudó a popularizar el transformismo darwinista y la antropología vinculada con el origen del hombre. Los museos tampoco eran ajenos a los grandes temas políticos del momento: así, se pensó que sus investigaciones geográficas, geológicas y cartográficas harían posible una demarcación racional de los límites entre la Argentina y Chile.

En última instancia, la vara para medir el valor de un museo era la importancia de sus colecciones; se valoraban no tanto la cantidad de objetos, ya que poca trascendencia tenía, por cierto, la acumulación masiva de ejemplares locales, sino los ejemplares que definían una especie, los únicos y los raros. Los directores trazaban planes para incrementar los acervos, se ocupaban de recolectar material, organizaban canjes de piezas e intervenían en el mercado de objetos museográficos.